Fakülteler
Boyabat İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi
Eğitim Fakültesi
Fen Edebiyat Fakültesi
Güzel Sanatlar Fakültesi
İlahiyat Fakültesi
Mühendislik ve Mimarlık Fakültesi
Su Ürünleri Fakültesi
Spor Bilimleri Fakültesi
Meslek Yüksek Okulları
Ayancık Meslek Yüksekokulu
Boyabat Meslek Yüksekokulu
Gerze Meslek Yüksekokulu
Meslek Yüksekokulu
Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu
Yüksekokullar
Sağlık Yüksekokulu
Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu
Enstitüler
Fen Bilimleri Enstitüsü
Sosyal Bilimler Enstitüsü